وتتكون لجنتها من ستة من أعضاء الجمعية العمومية لمؤسسة الملك فيصل الخيرية، ويقوم بأمانتها الأمين العام للجائزة، وتتولى الهيئة مسؤولية المتابعة والتنسيق بين مجلس الأمناء ولجان الاختيار، كما تقوم بدراسة النظام واقتراح تعديله وجميع الأعمال التي تسند إليها من مجلس الأمناء حيث تقوم آلية اختيار الفائزين على لجان مختصة كل عام بتحديد موضوع الجائزة وفق ما أنجز من دراسات وبحوث في ذلك الموضوع. ويراعى في الدراسات الإسلامية ما له أهمية واضحة في المجتمع الإسلامي ومستجداته وأحداثه، وفي الأدب العربي ما له ريادة وإثراء لهذا الأدب، وفي الطب ما يصور الجوانب ذات الاهتمام العالمي، أما العلوم فتأتي موضوعاتها دورية بين الفيزياء، والرياضيات، والكيمياء، وعلم الحياة. وتقوم المنظمات الإسلامية والجامعات والمؤسسات العلمية في مختلف أرجاء العالم بترشيح من تراه مؤهلاً في كل فرع من فروع الجائزة الخمسة، ولا تقبل الترشيحات الفردية ولا ترشيحات الأحزاب السياسية،وبعد أن ترد الترشيحات إلى الأمانة العامة للجائزة يقوم خبراء متخصصون بفحصها للتأكد من أن الأعمال المرشحة تنطبق علها الشروط المعلنة وترقى إلى مستوى المنافسة، ثم ترسل إلى حكّام يدرسونها، ويرسلون تقارير عنها، وبعد ذلك تجتمع لجان الاختيار المكونة من كبار المتخصصين لتدرس تلك التقارير وتنظر في الأعمال المرشحة، وتقرر منح الجائزة أو حجبها.
وقد نال الجائزة بمختلف فروعها منذ إنشائها، 229 فائزاً ينتمون إلى 41 دولة مختلفة. ويتم إعلان أسماء الفائزين بالجائزة، عادة، في الشهر الأول من كل عام، كما يتم الاحتفال بتسليمها لأولئك الفائزين خلال شهرين من ذلك الإعلان، وذلك في مقر مؤسسة الملك فيصل الخيرية في الرياض ويرعى تلك المناسبة ملك المملكة العربية السعودية أو من يمثّله، ويحضرها المهتمون من أعضاء هيئة التدريس في الجامعات، ورجال الفكر والأدب، والعاملين في المؤسسات العلمية والطبية، وكبار المواطنين.
وقد منح الأستاذ الدكتور حسن محمود الشافعي، الجائزة لمبررات منها باعه الطويل في خدمة العلوم الإسلامية، تدريسًا، وتأليفًا وتحقيقًا وترجمة وإسهامه في إنشاء الجامعة الإسلامية العالمية في إسلام آباد، ووضع مناهج كلياتها، وتولي رئاستها ، أيضا جهوده الكبيرة في إنشاء سلسلة من المعاهد التي تعنى بالدراسة الأزهرية، وخدمته اللغة العربية خلال رئاسته لمجمع اللغة العربية بالقاهرة.
أما عن مكوّنات الجائزة، فلكل فائز في كل فرع من أفرعها الخمسة مبلغ قدره 750 ألف ريال سعودي (ما يعادل 200 ألف دولار أمريكي) وميدالية ذهبية عيار 24 قيراطًا ووزنها 200 جرام، بالإضافة إلى براءة مكتوبة بالخط العربي بتوقيع رئيس هيئة الجائزة صاحب السمو الملكي الأمير خالد الفيصل تحمل اسم الفائز وملخصًا لمبررات فوزه. حضر الحفل صاحب السمو الملكي الأمير تركي الفيصل وصاحب السمو الملكي الأمير سلطان بن عبدالله الفيصل وصاحب السمو الملكي الأمير تركي بن عبدالله الفيصل وصاحب السمو الأمير محمد بن سعود بن خالد وصاحب السمو الأمير خالد بن سعود بن خالد المستشار بالديوان الملكي وصاحب السمو الملكي الأمير عبدالعزيز بن تركي الفيصل وزير الرياضة وعدد من أصحاب السمو والمعالي.
وقررت لجان الاختيار بفروعها الخمسة، منح الجائزة لهذا العام للدكتور أروانديجاسوير «الإندونيسي الجنسية»، أستاذ الكيمياء الغذائية والحيوية في الجامعة الإسلامية العالمية بماليزيا، لإسهامه في تأسيس «علم الحلال» في مجال الأغذية من خلال مشروعاته وأبحاثه العلمية، فيما حاز الجائزة للدراسات الإسلامية لهذا العام الدكتور بشار عوَّاد، الأردني الجنسية، وهو أستاذ الحديث في جامعة العلوم الإسلامية العالمية، وكان موضوعها «الأعمال التي أنجزت في تحقيق كتب التاريخ الإسلامي والتراجم»، ولتَميُّز تحقيقه بالشمول زماناً ومكاناً، وامتداده إلى رجال الحديث والتاريخ ومشاهير علماء الإسلام. وفي مجال اللغة العربية والأدب، منحت الجائزة للدكتور شكري المبخوت «تونسي الجنسية» الأستاذ في جامعة منوبة، وكان موضوعها «الدراسات التي تناولت السيرة الذاتية في الأدب العربي». أما في مجال الطب، فقَرَّرت لجنة الاختيار منح الجائزة للدكتور جيمس أليسون (Professor James Allison)، الرئيس والمدير التنفيذي لقسم المناعة في مركز إم دي أندرسون للسرطان بجامعة تكساس وهو أميركي الجنسية، وذلك لإسهاماته في تطوير العلاج المناعي للسرطان، فيما منحت جائزة هذا العام، وموضوعها «الرياضيات» للدكتور السير جون بول (Professor Sir John Ball)، بريطاني الجنسية، أستاذ سيدلين للفلسفة الطبيعية في جامعة أوكسفورد، لإسهاماته الأساسية والفعالة في مجال المعادلات التفاضلية الجزئية غير الخطية، وحساب التغاير والأنظمة الديناميكية.
جائزة العلوم لبريطاني وتونسي قررت لجنة الاختيار لجائزة الملك فيصل للعلوم منح الجائزة لهذا العام، وموضوعهـا «الرياضيات» بالاشتراك، لكل من البروفيسور مارتن هايرر (Martin Hairer)، البريطاني الجنسية، الأســـتاذ في كلية لندن الإمبراطورية؛ لتميز أعماله في استحداث طرق مبتكرة في تحليل المعادلات التفاضلية العشوائية، والوصول لمنظور جديد في مجال الأنظمة العشوائية اللامتناهية، ثنائية الأبعاد المتكررة وغيرها مثل «معادلات نافييه-ستوكس» و«KPZ». كما أن تقديمه للتراكيب المنتظمة وفر إطارًا مرنًا وواضحًا لعمليات فصل النواحي الجبرية، والاحتمالية والتحليلية في المعادلات التفاضلية الجزئية العشوائية التي تتطلب إعادة تقييمٍ ذاتي في الميكانيكا الإحصائية. والبروفيسور نادر المصمودي (Nader Masmoudi)، التونسي الجنسية، الأستاذ في جامعة نيويورك؛ لجهوده المتميزة في تحليل المعادلات غير الخطية التفاضلية والجزئية، وإسهاماته البارزة في النظريات الرياضية لديناميكيات الموائع من خلال إدخال تقنيات رياضية مبتكرة، خاصة دراساته لحالات الاستقرار، أو انعدامه في حركة الموائع كما تصفها «معادلات نافييه-ستوكس» التي لم يتمكن علماء الرياضيات من وضع نظرية أساسية تتعلق بحلها ليقوم المصمودي لاحقا بتطوير أعمال الفيزيائي الروسي «ليف لانداو» في مجال إحصائيات السوائل.