بعد خمس سنوات من اللعب بين الكبار أحرز الفريق أولى بطولاته بنيله شرف الفوز وحمله كأس صاحب السمو رئيس الدولة وكان ذلك في موسم 91 - 1992 ، تلا ذلك بعض الصعوبات بالتنقل بين كل من دوري الدرجة الأولى والثانية إلى أن أتى موسم 09 - 2010 ليحقق النادي نجاحاً آخر بحلوله المركز الرابع في الدوري وليُبقي على إسمه بين الكبار منذ ذلك التاريخ. وفي موسم 2012 – 2013 شارك الفريق في أولى المنافسات الخليجية له لينتزع اللقب في ملعب الشامخة ليحفر إسمه بسجلات البطولة بين الكبار في الخليج عبر خليجي 28 عندما فاز على الخور القطري بهدفين نظيفين. مجلس إدارة نادي بني ياس الرياضي هو المجلس الإداري الأعلى في بنية النادي التنظيمية، بما فيه شركة كرة القدم وشركة الألعاب الرياضية بالإضافة إلى شركة بني ياس للاستثمار، يترأس مجلس إدارة النادي سعادة اللواء أحمد ناصر الريسي ، وسعادة مبارك عوض بن محيروم نائباً للرئيس، فيما يضم المجلس عضوية كل من: سعادة سهيل سعيد العامري، سعادة محمد سهيل الكثيري، السيد محمد غانم المنصوري، السيد عبد الرحمن الماجد العلي والسيد أحمد سالم الراشدي. شركة نادي بني ياس لكرة القدم هي إحدى الشركات العاملة تحت مظلة نادي بني ياس الرياضي الثقافي وتختص بتطوير رياضة كرة القدم والاهتمام بالمواهب الناشئة ورعاية الشباب المهتمين بهذه الرياضة كما أن الشركة تعمل على الدوام للتأكد من التطوير المستدام لكافة فرق كرة القدم المختلفة من الفئات السنية وصولاً إلى الفريق الأول.
وأوضحت ميثا شريم لاعبة نادي بني ياس أن شعور الفوز باللقب لا يضاهى لا سيما أن البطولة تحمل اسما هو الأغلى على قلوب الجميع، وأكّدت أن المشوار لا يزال في بداياته على الصعيد المحلي، وأن بني ياس يتطلع إلى تحقيق ذات الإنجاز في بطولتي أم الإمارات وكأس نائب رئيس الدولة. وأهدى البطل زايد الكثيري لاعب بني ياس اللقب الذي حققه مع زملائه إلى الفريق سمو الشيخ سيف بن زايد آل نهيان نائب رئيس مجلس الوزراء وزير الداخلية رئيس نادي بني ياس، والى أسرة نادي بني ياس مؤكدا أن الدعم الذي يحظى به النادي كان سبباً رئيسيا في الإنجاز الذي تحقق. وتقدم الكثيري بالشكر إلى كل زملائه في الفريق الذين تعاهدوا على بذل الغالي والنفيس للحفاظ على اللقب، مشيدا بإدارة النادي التي تحرص على التعاقد مع أفضل الأجهزة الفنية والتدريبية والتي تساهم في تأهيل اللاعبين وإعدادهم على النحو الأمثل. وقال إن بطولة كأس صاحب السمو رئيس الدولة من أقوى بطولات الموسم ، لأنها بطولة ذات طابع خاص تجمع تحت مظلتها أقوى اللاعبين على الساحة.
ومنذ تأسيسه وحتى قبل موسمين، والفريق يتأرجح صعوداً وهبوطاً ما بين الدرجة الأولى والثانية، إلى أن صعد إلى دوري اتصالات للمحترفين في بداية الموسم الرياضي 2009-2010 بعد فوزه ببطولة دوري الدرجة الأولى، وقدم في ذلك الموسم مستوى متميزا أهله لاحتلال المركز الرابع، وواصل الفريق مسيرته الناجحة في دوري المحترفين، و قدم في الموسم 2010-2011 مستوى أفضل من سابقه و نافس بقوة للفوز ببطولة الدوري.