عندما يئست القوات المحاصرة للمدينة من فخر الدين باشا زادوا اتصالهم مع ضباطه.. كان الوضع ميئوسًا منه. كلمه ضباطه شارحين له الوضع المأساوي للحامية ولأهل المدينة، فوافق أخيرًا على قيام ضباطه بالتفاوض على شروط وبنود الاستسلام. كان على رأس بنود الاتفاقية بند يقول: (سيحل فخر الدين باشا ضيفًا على قائد القوات السيارة الهاشمية في ظرف 24 ساعة)، وأنه تم تهيئة خيمة كبيرة لاستراحته. وفي المدينة كانت ترتيبات الرحيل تجري على قدم وساق، وكانت سيارة القائد فخر الدين مهيأة وقد نقلت إليها أغراض القائد. بقي الضباط في انتظار خروجه.. ولكن الساعات مضت ولم يخرج إليهم، بل جاء أمر منه بتخلية السيارة من أغراضه الشخصية ونقلها إلى بناية صغيرة ملحقة بالمسجد النبوي.. كان فخر الدين قد هيأ هذا المكان لنفسه.. لم يكن يريد الابتعاد من عند مسجد رسول الله r، وذهب إليه نائبه نجيب بك ومعه ضباط آخرون فوجدوه متهالكًا على فراش بسيط في تلك البناية، ولم يرد أن يخرج، بل قال لهم: اذهبوا أنتم أما أنا فسأبقى هنا. احتار نائبه والضباط ولم يدروا كيف يتصرفون، تشاوروا فيما بينهم ثم قرروا أن يأخذوه قسرًا.. اقتربوا من فراشه وأحاطوا به وحملوه قسرًا إلى الخيمة المعدة له وهم يبكون.. كانوا يعرفون مدى حب قائدهم للرسول r، ولماذا يعاند كل هذا العناد رافضًا الابتعاد من عند رسول الله r، ولكنهم لم يكونوا يستطيعون ترك قائدهم هكذا وحيدًا هناك، وقد حدث هذا في يوم 10/1/1919م.
احتار نائبه والضباط ولم يدروا كيف يتصرفون… وتشاوروا فيما بينهم ثم قرروا أن يأخذوه قسراً،… اقتربوا من فراشه وأحاطوا به وحملوه قسراً إلى الخيمة المعدة له وهم يبكون… إنهم يعرفون مدى حب قائدهم للرسول (صلى الله عليه وآله وسلم)، ولماذا يعاند كل هذا العناد رافضاً الابتعاد عن المسجد النبوي، لكنهم لم يكونوا يستطيعون ترك قائدهم هكذا وحيداً هناك. حدث هذا في يوم 10/1/1919م، وفي اليوم الثاني اصطف الجنود العثمانيون صفوفاً أمام المسجد النبوي… كان كل جندي يدخل ويزور ضريح رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) ويبكي ويدعو ثم يخرج، وكذلك الضباط، لم يبقَ أحد لم يسكب دموعاً حارة في لحظة الوداع المؤثرة هذه، حتى سكان المدينة وقوات البدو بكوا من هذا المنظر. عندما نقل فخر الدين باشا إلى الخيمة المعدة له كان هناك الآلاف من قوات البدو يحيطون بالخيمة ويشتاقون إلى رؤية هذا البطل الذي أصبح أسطورة، وما أن ظهر حتى ارتجت الصحراء بنداء "فخر الدين باشا… فخر الدين باشا" لم يكن هناك من لم تبهره بطولته وحبه لرسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم). وفي 13/1/1919م دخلت قوات البدو حسب الاتفاقية إلى المدينة. واستسلمت الحامية العثمانية في المدينة المنورة بعد 72 يوماً من توقيع معاهدة موندروس وتسلمت أسرة سعود بعدها مكة والمدينة وكل نجد والحجاز بتنسيق مع الإنكليز.
ولم تتمكن الحكومة العثمانية من إرسال أي تعزيزات بسبب سيطرة حلفاء الإنكليز وانسحاب القوات العثمانية من الحجاز، فلم تبقَ إلا حامية فخر الدين باشا، وكان أقرب جيش عثماني يبعد عنها 1300 كيلومتر. قرّرت الحكومة العثمانية إخلاء المدينة. إلا أن فخر الدين أرسل رسالة إلى رئيس الحكومة أنور باشا يتوسّله فيها قائلًا: "لماذا نُخلي المدينة؟ أمِن أجل أنّهم فجروا خط الحجاز؟ ألا تستطيعون إمدادي بفوج واحد فقط مع بطارية مدفعية؟ أمهلوني مدة فقط أستطيع التفاهم مع القبائل العربية. لن أُنزِل الراية الحمراء بيدي من على حصن المدينة، وإن كُنتُم مُخليها حقًا فأرسلوا قائدًا آخر مكاني". وظلّ فخر الدّين باشا يُردّد "الدّفاع عن المدينة المنورة قائم حتى يحل علينا القضاء الإلهي والرضا النبوي والإرادة السلطانية، قُرَناء الشرف". خروج الدولة العثمانية من الحرب بمعاهدة "مودروس" خرجت الدولة العثمانية من الحرب بتوقيع هدنة "موندروس" بينها وبين قوات الحلفاء في 30 تشرين الأول/ أكتوبر 1918. وأعقبها احتلال إسطنبول ، وتقسيم الإمبراطورية العثمانية. إلا أنّها أٌلغيت في وقت لاحق بعد معاهدة لوزان في 24 يوليو 1923 عقب انتصار الأتراك في حرب الاستقلال التركية.
جمع فخر الدين باشا ضباطه للاستشارة حول هذا الظرف العصيب.. كان يريد أن يعرف ماذا يقترحون، ومعرفة مدى إصرارهم في الاستمرار في الدفاع عن المدينة. اجتمعوا في الصحن الشريف.. في الروضة المطهرة في صلاة الظهر.. أدى الجميع الصلاة في خشوع يتخلله بكاء صامت ونشيج، ثم ارتقى فخر الدين باشا المنبر وهو ملتف بالعلم العثماني وخطب في الضباط خطبة كانت قطرات دموعه أكثر من عدد كلماته.. وبكى الضباط حتى علا نحيبهم، وقال: لن نستسلم أبدًا ولن نسلم مدينة الرسول r لا للإنجليز ولا لحلفائهم!! نزل من المنبر فاحتضنه الضباط ضابطًا ضابطًا.. احتضنوه وهم يبكون وهو يبكي.. كانت لوحة مأساوية من أروع لحظات التاريخ ستبقى في سجل التاريخ، طفح فيه حب رسول الله r بشكل قلَّ نظيره، وثارت فيها العواطف وتأججت وسالت من المآقي الدموع، وقد كانوا يحسون بأن روح رسول الله r تجول بينهم. اقترب من القائد العثماني أحد سكان المدينة الأصليين واحتضنه وقبَّله وقال له: (أنت مدنيّ من الآن فصاعدًا.. أنت من أهل المدينة يا سيدي القائد! ). لكن الحقيقة المرة كانت ماثلة أمام كل عين.. حقيقة مادية وواقعية لا يمكن تجاهلها.. لم يكن من الممكن الاستمرار في هذا الرفض.. فقد اشتدت وطأة الجوع والمرض على الجيش العثماني وعلى سكان المدينة، وقلت الذخيرة الحربية ولم تعد كافية للدفاع عن المدينة.
فخر الدين باشا: ضابط هام في حب النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) كانت ملحمة رائعة قل نظيرها في التاريخ… ملحمة إنسانية رسمت فيها أسمى العواطف الإنسانية… لوحة ستبقى رائعة على مر التاريخ ولن يطويها النسيان… ملحمة عسكرية تحدت أصعب الظروف وأقسى الشروط… بطل هذه الملحمة هو القائد التركي اللواء فخر الدين باشا الملقب بـ(نمر الصحراء). كان قائد فيلق في الجيش العثماني الرابع في الموصل برتبة عميد عندما اشتعلت الحرب العالمية الأولى في 1914م، ثم رقي إلى رتبة لواء. لقد استدعي عام 1916م إلى الحجاز للدفاع عن المدينة المنورة عندما بدت تلوح في الأفق نذر نجاح الإنجليز في إثارة حركة مسلحة ضد الدولة العثمانية. وصل إلى المدينة المنورة في 31/5/1916م… وصل إليها فرحاً لأنه كان يحب رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) حباً لا يوصف… وهذا الحب، بل العشق، هو الذي رسم لوحة الملحمة الإنسانية التي بقيت في التاريخ العثماني… منذ اليوم الأول من وصوله للمدينة حتى فراقه لها… أي خلال أكثر من عامين لم يشبع من زيارة ضريح حبيبه ولا من مناجاته والبكاء بين يديه… كان في صباح كل يوم ينزع بزته العسكرية، ويلبس ملابس بيضاء كالكفن، ويعتمر عمامة بيضاء ثم يقوم بمسح وتنظيف الضريح وحواليه ودموعه تتساقط، يبكي حتى تبتل قطعة القماش التي ينظف بها الضريح، هكذا في صباح كل يوم، ولم يفُتْ يوم واحد دون قيامه بهذا.
صمدت الحاميات التركية لمحطات القطارات الصغيرة المعزولة في وجه الهجمات الليليّة المُستمرة وأمنت المسارات ضد عدد متزايد من الهجمات (حوالي 130 هجومًا رئيسيًا في عام (1917) و مئات في عام (1918)، بما في ذلك أكثر من (300) قنبلة في (30) أبريل (1918). مع انسحاب الإمبراطوريّة العثمانيّة من الحرب مع هدنة مدروس بين الإمبراطوريّة العثمانيّة وحلفاء الحرب العالمية الأولى في (30) أكتوبر (1918)، كان من المتوقع أن يستسلم فخر الدين أيضًا، لكنّه رفض القيام بذلك ورفض الهدنة. أثناء حصار المدينة المنورة، أرسل فخر الدين القطع الأثريّة والمخطوطات المقدّسة من المدينة المنورة إلى اسطنبول لحمايتها من الاستيلاء عليها، أعادت الإمبراطوريّة العثمانيّة معظم المخطوطات إلى المدينة المنورة وهي الآن في مكتبات بالمدينة، بينما بقي الباقي في قصر توبكابي في اسطنبول.
قاد فخري باشا المعارك العسكرية ضد قوات الشريف حسين وحلفائه من الإنجليز تحديدا، ولم يتوقف إلا مع فشل العثمانيين في الحرب العالمية الأولى وتوقيع معاهدة رودس في 30 أكتوبر/تشرين الأول 1918. بعد الهزيمة انسحبت الجيوش العثمانية من الحجاز، وبقي فخري باشا وحده مع نحو 15 ألفا من جنوده بالمدينة، وازدادت عزلته بعد قيام قبائل عربية ومعها الجاسوس الإنجليزي توماس إدوارد لورنس المعروف بـ"لورنس العرب" بتفجير السكة الحديدية في الحجاز ونسف أعمدة التلغراف. ويحكي الباحث العراقي أورخان محمد علي أن فخري باشا تشبث بالبقاء في المدينة المنورة للدفاع عنها وعدم السماح للبريطانيين وحلفائهم من القبائل العربية بدخولها عنوة، فتواصل مع رؤسائه وطلب منهم دعمه قائلا "لماذا نخلي المدينة؟ أمن أجل أنهم فجروا خط الحجاز؟ ألا تستطيعون إمدادي بفوج واحد فقط مع بطارية مدفعية؟ أمهلوني مدة فقد أستطيع التفاهم مع القبائل العربية". لكن الأوامر صدرت إليه من القيادة والحكومة بالاستسلام فرفض وتشبث بالبقاء في المدينة حتى آخر رمق، وظل محاصرا حيث اشتدت وطأة الجوع والمرض على الجيش والسكان وقلت الذخيرة، ونصحه ضباطه بالتفاوض فقبل بعد طول رفض، وعند الاتفاق رفض الخروج -كما يحكي أورخان- مما دفع ضباطه لحمله قسرا وإدخاله الخيمة التي كانت معدة له وسط جو من الحزن والبكاء لمفارقة المسجد النبوي وضريح رسول الله صلى الله عليه وسلم، وللهزيمة التي منيت بها الإمبراطورية العثمانية.