ذهب بعض وجهات النظر، الي ان من يقف اغتيال محمد محمد صادق الصدر "الصدر الثاني"، توجهات من مراجع ذات أصول إيرانية ومخابرات ايرانية لسعي نظام صدام حسين الي تعريب مرجعية النجف عقب سيطرة مراجع الشيعية ذو الاصول الايرانية علي مقاليد الامور في النجف الاشرف، فمن بين سبعة وستين مرجعاً تناوبوا على تولّي الحوزة – حتي التسيعينات- لم يكن من بينهم إلا خمسة مراجع من أصل عربي. وكان وقوف الدولة خلف محمد صادق الصدر، لكونه كان يمثل المرجع العربي في هذا الاتجاه. ولفت البعض الي ان محمد صادق الصدر كان لديه علاقات مع الدولة من خلال مدير الشعبة الخامسة في الامن العامة ، وكانت هذه العلاقة مبنية على دعم مفتوح مادياًومعنوياً ، حتى ان اولاد كانوا يحملون مسدسات من جهاز الامن وكان دعم الدولة للسيد الصدر مبنيا على ريادة الحوزة العلمية من قبل علماء عرب للحلول بتؤدة وبالتدريج بدلا من علماء الفرس الذين يسيطرون على الحوزة في النجف. ولهذا التقى محمد الصدر وبزيارة خاصة بالرئيس صدام حسين شخصياً بعد ان قام الصدر بالابتعاد عن مذهب الاثنا عشرية بفرضه " صلاة الجمعة " وبدأ الوف من الشيعة العرب بالتزاحم على حضور صلاة الجمعة التي بدأ يقيمها في الكوفة، وسحب البساط من تحت أرجل العلماء الإيرانيين وتنادوا على أساس أن الدولة تعمل على شق المذهب في والعمل بكل قوه لوقف شق المذهب في العراق وأوضحت التقارير الإعلامية أن مراجع الشيعة الإيرانيين وجدوا أن تعريف مرجعية النجف يمثل خطرا حقيقيا على ايران ومخططاتها، وكما هو معروف في مذهب الامامية " الاثنا عشرية " ، فقرروا في "مرجعية قم" التخلص من محمد صادق الصدر بقتله ولصق التهمة بحكومة صدام حسين.
إن حيادية وصحة هذه المقالة محلُ خلافٍ. ناقش هذه المسألة في صفحة نقاش المقالة، و لا تُزِل هذا القالب دون توافق على ذلك. (نقاش) (أبريل 2019) السيد مُحمّد بن مُحمّد صادق بن محمد مهدي بن إسماعيل الصدر المعروف ب مُحمّد مُحمّد صادق الصدر, (1943 – 1999). هو رجل دين ومرجع شيعي عراقي معروف؛ كان من مُعارضي النظام العراقي في فترة حكم حزب البعث العربي الاشتراكي وقد عُرف بنشاطه المُناهض للنظام وهو الذي أدّى لاغتياله. ولادته ونشأته ولد في 23 آذار 1943م في الكاظمية ونشأ في اسرة دينية معروفة ضمت علماء كبار منهم والده محمد صادق الصدر وجده لأمه آية الله العظمى محمد رضا آل ياسين وهو من المراجع المشهورين وتزوج من بنت عمه محمد جعفر الصدر ورزق بأربعة أولاد منها هم مصطفى ومقتدى ومؤمل ومرتضى.